Visi misi Kementerian Kesehatan mengikuti visi misi Presiden Republik Indonesia yaitu Terwujudnya Indonesia yang Berdaulat, Mandiri dan Berkepribadian Berlandaskan Gotong-royong. Visi tersebut diwujudkan dengan 7 (tujuh) misi pembangunan yaitu:
- Terwujudnya keamanan nasional yang mampu menjaga kedaulatan wilayah, menopang kemandirian ekonomi dengan mengamankan sumber daya maritim dan mencerminkan kepribadian Indonesia sebagai negara kepulauan.
- Mewujudkan masyarakat maju, berkesinambungan dan demokratis berlandaskan negara hukum.
- Mewujudkan politik luar negeri bebas dan aktif serta memperkuat jati diri sebagai negara maritim.
- Mewujudkan kualitas hidup manusia lndonesia yang tinggi, maju dan sejahtera.
- Mewujudkan bangsa yang berdaya saing.
- Mewujudkan Indonesia menjadi negara maritim yang mandiri, maju, kuat dan berbasiskan kepentingan nasional, serta
- Mewujudkan masyarakat yang berkepribadian dalam kebudayaan.
Kementerian Kesehatan juga berperan serta dalam meningkatkan kualitas hidup masyarakat melalui agenda prioritas Kabinet Kerja atau yang dikenal dengan Nawa Cita, sebagai berikut:
- Menghadirkan kembali negara untuk melindungi segenap bangsa dan memberikan rasa aman pada seluruh warga Negara.
- Membuat pemerintah tidak absen dengan membangun tata kelola pemerintahan yang bersih, efektif, demokratis dan terpercaya.
- Membangun Indonesia dari pinggiran dengan memperkuat daerah-daerah dan desa dalam kerangka negara kesatuan.
- Menolak negara lemah dengan melakukan reformasi sistem dan penegakan hukum yang bebas korupsi, bermartabat dan terpercaya.
- Meningkatkan kualitas hidup manusia Indonesia.
- Meningkatkan produktifitas rakyat dan daya saing di pasar Internasional.
- Mewujudkan kemandirian ekonomi dengan menggerakkan sektor-sektor strategis ekonomi domestik.
- Melakukan revolusi karakter bangsa.
- Memperteguh ke-Bhineka-an dan memperkuat restorasi sosial Indonesia.