Pada zaman Belanda ada salah satu institusi di daerah pelabuhan dengan nama Heven arts dibawah Haven Master(Departemen Perhubungan) pada tahun 1911 – 1950. Tujuan dari Heven Arts adalah untuk mencegah masuk dan keluarnya penyakit karantina ke Indonesia melaui pelabuhan laut. Dengan terbitnya Undang-undang No. 1 tahun 1962 tentang Karantina Laut, Heven Arts menjadi perangkat Departemen Kesehatan, dengan organisasinya disebut Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL). Dengan diterbitkannya Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 147/Menkes/IV/SK/1978, maka organisasi DKPL ada perubahan nama organisasinya menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan.
Hingga tahun 2023 Kantor Kesehatan Pelabuhan berubah nama menjadi Balai/Loka Kekarantinaan Kesehatan dengan diterbitkannya Permenkes No 10 Tahun 2023 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan. UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara
Sesuai Permenkes Nomor 9 Tahun 2023 tentang Klasifikasi Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan diklasifikasikan sebagai berikut :
- Balai Besar Kekarantinaan Kesehatan;
- Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I:
- Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II; dan
- Loka Kekarantinaan Kesehatan.
Balai Besar Kekarantinaan Kesehatan Tanjung Priok mempunyai 5 (lima) Wilayah Kerja yaitu:
- Pelabuhan Laut Sunda Kelapa dan Pantai Marina Ancol
- Pelabuhan Samudra Muara Baru
- Pelabuhan Laut Marunda
- Pelabuhan Laut Kali Baru
- Pelabuhan Laut Muara Angke dan Pantai Mutiara.
